Molte piante sono poco adatte perché tendono a produrre fiori e frutti di dimensioni "normali" anche se coltivate come bonsai (per esempio il castagno). Conviene allora optare per una specie botanica (o una varietà o un cultivar) una pianta che produca naturalmente frutti di piccole dimensioni, come il cotonastro o diverse varietà di Prunus e di Malus.

Ricordiamo anche che per una pianta la produzione di frutti richiede molte risorse e quelle a disposizione di un bonsai posto in un piccolo vaso sono limitate; converrà quindi rimuovere buona parte dei frutti comparsi e lasciarne solo una parte per evitare di perderli tutti.